美国国立医学图书馆的Medline数据库收录了1966年以来、70多个国家、4300多种生物医学期刊的题录和文摘,其中88%的资料用英文发表,76%的文献带有文摘,并且每周更新一次数据。Medline数据库收录的专业范围包括人类医学、兽医学和其他学科,内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医学保健和医学情报科学等多个学科领域,目前已有1100多万条记录,年递增达30万条以上。
1997年6月26日,美国国立医学图书馆开始利用Internet的Web方式提供免费Medline数据库、Premedline以及最新版医学主题词词(MeSH)等检索服务,为全球的医学工作者特别是临床医生获取医学信息资源提供了极大的方便。
目前,进入MEDLINE的路径很多,有很多网站建立了基于MEDLINE数据库的搜索表单和链接。根据归属,最权威的无疑是NLM网站提供的PubMed和IGM。推荐使用PubMed。
由美国国立医学图书馆提供,是目前应用最广泛的免费Medling检索节点。
界面功能和智能化搜索程度的提高,使用户对检索技巧的依赖性降低,但是否能以更快捷的方式、更高的精度得到满意的查询结果,很大程度上仍取决于对系统规则的了解。为了让国内的医学用户了解Medline数据库的检索知识,全面掌握检索技巧,本文将结合实例,全面、系统地介绍PubMed系统Medline数据库的检索技能。
PubMed检索
PubMed提供了强大的技术支持,使用户可以非常容易地进行检索。用户可以在检索框中输入任意一个符合自己检索要求的概念:如一个或多个主题(可以是一到多个自由词、关键词、主题词)、作者姓名、杂志名称、特定时间等,点“Go”按键,就可以得到相关文献。
检索功能栏见图2。
1.主题概念检索
在检索框中键入一到多个单词,如键入:vitamin c common cold,PubMed将自动地利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起,并将不规范的词语转换成MeSH词表中的规范用词。如上例中,系统会将检索要求转换成(“Ascorbic
Acid”[MeSH Terms]ORvitamin c [Text Word]) And (“Common Cold”[MeSH
Terms] OR common cold [Text Word]) 在多个字段中进行检索。
如果输入的检索词包括逻辑运算符AND、OR、NOT, 这些运算符必须要大写,例如: vitamin c OR zinc
一旦点击检索键Go,PubMed 将显示检索结果,同时检索框中仍然保留刚才输入的检索式。可以通过在检索框或Details(明细框)中添加或删除检索词来修改当前的检索式。
2.作者姓名检索
按照姓+名缩写(不加标点)的格式键入作者姓名,如:Smith ja,jones k,系统会自动在作者字段内进行检索。如果想进行更精确的检索,可以用双引号将作者名引起来,再加[au](作者字段标识符),如:“smith
J”[au]。如果只键入作者的姓(last name),PubMed 将在所有字段中进行检索,除非在MeSH 转换表中检索到(如:Yang
将检索成Yin-Yang [MeSH]或 Yang [Text Word])。
3.杂志名称检索可以在检索框中键入杂志全名,如:molecular biology of the cell,系统的“自动词语匹配”功能会自动将其转换成(“mol
biol cell” [Journal Name])进行检索;也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式如:mol biol
cell,或者是键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码)如:1059-1524进行检索。
需要注意的是:如果杂志名称恰好是MeSH词表中的词,如:Gene Therapy,Science,Cell等,PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索;此外,如果杂志名是一个单词,如“Scanning”,系统将会在所有的字段中进行检索。以上两种情况下,需要将检索请求进行标准化处理,即在杂志名后面加[ta](杂志名称字段标识符)。还需要注意的是,在早年的文献中,没有ISSN号。
如果杂志全名中包括括弧或方括号,键入时应该予以取消,例如杂志名为:J Hand Surg [Am],检索时应转成:J Hand
Surg Am.
4.转换功能
PubMed系统采用以下几种词表(索引)之间的相互转换,来保证查全、查准率。
(1) MeSH词转换表MeSH词转换表包含MeSH词和组成MeSH主题词和副主题词以及统一医学词汇系统(UMLS)的同义词、英语变异词以及物质名称等词汇,
如果键入的检索词与该表中的词相匹配,则检索词作为MeSH词和文本词(Text Word)同时进行检索。例如输入检索词:vitamin
h , PubMed将转换为(“Biotin”[MeSH Terms] OR vitamin h[Text Word]) 进行检索,因为vitamin
h 与MeSH词表中的Biotin是同义词。
提示:点击特征栏上的Details功能键, 可以了解输入的词被转换后进行检索的详细情况。
(2) 杂志名称转换表
该表包括杂志全称、MEDLINE杂志缩写形式和ISSN 号。例如:如键入杂志名称为:new england journal
of medicine,PubMed 将自动转换为: “N Engl J Med”[Journal Name]进行检索。
(3)短语表
如果输入的词在 MeSH 和杂志名称转换表中都没有找到合适的匹配词,系统将在短语表中进行查找。该表中的短语来源于MeSH、UMLS以及物质名称等。
(4)作者索引
如果系统对输入的短语在以上表中检索都没有被命中, 并且有一个或两个字母在词后, PubMed 将在作者索引表中进行查找,如果仍然没有发现合适的匹配,PubMed
将用AND将单个词联接起来在所有字段中进行查找。
5、截词检索
可利用系统的截词功能获取更多的相关文献,这与检索Medline光盘时截词符的用法是相同的。截词符“*”可代表多个字符,将
* 加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索,例如:bacter*,可以检出bacter、bacteria、bacterium等词。
PubMed 一次最多可以检索出150个词形变异词。如果多于150个变异词,PubMed 将显示提示信息。
注意:
截词符 * 空格以后的词不在检索范围内,例如infection* 包括infections,但不包括infection
control等词语。
截词检索时,系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行,例如:heart attack* 将不映射到 MeSH
词 Myocardial Infarction ,也不包括更多其他特殊词,如:Myocardial Stunning;Shock;Cardiogenic。
6、明细框(Details)
特征栏中的Details功能键可以让用户了解PubMed系统通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略。还可实现以下功能:
(1)在Details中编辑检索策略
Details框内(见图1)显示出实际的检索策略和采用的句法。下面显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略,点击Search按键重新执行检索。
(2)在Details 中保存检索策略
从Details 窗口, 点URL按钮,PubMed 将返回到检索结果界面。转化的检索策略将显示在检索框中,这个检索策略也将作为URL,用浏览器的书签收藏功能(
bookmark )可以将该检索式保存下来,备以后检索时调用。
特征栏功能
特征栏位于检索框的下方,包括Limits(限制功能)、preview/Index(预览/索引)、History(检索史)、Clipboard(剪贴板)。
1、Limits
点击特征栏中的limits进入Limits界面,该界面包括specific age group(特殊年龄组)、gender(性别)以及
human or animal studies(人或动物研究)、specific language(特殊语种)、Publication
types(出版物类型)、Publication Date(出版日期)以及Subsets(子集)等限制检索功能。
注意:如果采用了limits检索功能,当你进入另一个检索界面时,紧邻limits的方框将有相应的标识出现。如果运行检索,您所选择的限制检索功能项将显示在display键上方的黄栏中。在运行下一个检索前关闭limits
,可以点击limits旁的小方框清除标识。
用出版物类型、年龄、性别、动物和人等进行限制检索时,只能在medline中进行检索,而不包括Pre-medline和出版商提供的文献。默认状态下为不进行限制检索。
2、Preview/Index
点击Preview/Index,可以实现以下功能:
(1)预览检索结果数量 在检索框中键入检索词(或词组)后点击Preview/Index,将显示出检索结果的数量。可以在检索框中通过添加检索词再点击Preview来调整检索策略,新添加的词将与已经存在的词自动用AND方式组配在一起。显示检索结果,点击检索结果数字(超链接)即可。
(2)进行字段限制检索 可以从 All Fields 下拉菜单中选择字段或直接输入,点击AND、OR或 NOT 添加到检索词中进行组配检索,再点击Preview进行预览。
(3)从Index中选词 在 All Fields 下拉菜单中选择字段后, 在框中输入检索词,再点击Index,PubMed
显示该词在按字母顺序排列的词表中的位置,文献数量显示在括弧中。可以用滚动条上下滚动查看列表,选中的词高亮显示,然后选择合适的逻辑运算符进行检索。选中的词将出现在检索框中。
例如:查看MeSH词以“chickenpox”开头的词, 从All Fields下拉菜单中选择MeSH Terms字段,在文本框中输入检索词“chickenpox”,然后点击Index;用滚动条查看Index
框内以Chickenpox开头的的词表, 可以从中了解数据库中各主题领域的文献数量。选中某词后,点击preview,则该词被加到检索框中。
注意:Preview/Index 只显示最近的三次检索史,而用 History 按钮可以查看最近100次的检索史。 PubMed
考虑到作者姓名的不同形式,采用自动转换功能进行作者姓名检索,例如smith j 将检索成 smith ja, smith jb,
smith jr, 等。如果在作者名前加@ ,如@ symbol ,表明作者没有姓名字首,而smith j@,将只检索smith
j。
3、History
点击特征栏上的History可查看检索史,PubMed 在History栏中保存所有检索策略和结果。只有在执行了一次检索后,History中才能有记录。History显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。浏览检索结果,可以点击检索结果数字的超链。也可以在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索,例如
#2 AND #6,或 #3 AND (drug therapy OR diet therapy)。 点击 Clear History按键可以清除History
和 Preview/Index 中的信息。
注意: History最多能保存100个检索式。如果超出100,系统将采取先出后进原则删除以前的检索式。 History中的记录将在停止检索1小时后消失。
4、Clipboard
Clipboard(剪贴板)允许用户将检索的文献暂时保存,将文献加到Clipboard中后再采用打印或保存等功能对Clipboard中的记录进行处理。Clipboard最大存储量为500条,一旦将文献加到Clipboard中,即可通过Clipboard查看所选的文献。
(1)将文献添加到 Clipboard 向Clipboard中添加记录,先点击检索结果界面中文献记录左侧的复选框选中记录,然后点击
Clip Add即可,被添加到Clipboard中的记录,则检索记录的数字将变成绿色。(Clipboard 中的记录将在停止检索1小时后自动清除)。
Clipboard 中的记录将被重新定为#0检索序号,以便可以进一步进行布尔检索。例如: 欲筛选Clipboard 中所收集的记录中用英文发表的文献,可以在检索框中采用下列检索式检索:
#0 AND english [la],这种操作并不改变Clipboard中的内容。
(2)保存Clipboard中的记录 添加到Clipboard 中的记录以summary 格式显示,可以用Sort改变排序,也可以选择所有或个别记录进行显示后保存,还可以用display下拉菜单改变显示方式,点击Save
保存记录。
Cubby (储存箱)
Cubby用于存储检索策略,可以在任何时间进行更新。
1、登记申请
从PubMed侧目条中点击 Cubby,然后点击“I Want to Register for Cubby”,按照提示信息进行登记即可。
2、存储检索
点击侧目条的 Cubby超链接,可以进行查看已存储的检索式、更新或删除检索式等处理。 编辑检索名,点击 Cubby中的store即可。
注意: 链接到 “Related Articles” 将不能在 Cubby中存储;检索号(如:#3) 不能在 Cubby
中存储;最大存储量为100个;存储的检索不能被编辑。
3、保存检索信息
浏览保存检索,可以点击检索名称,存储检索信息包括检索名称、更新日期和时间、数据库、检索词和字段限制。点击Search 可以进行非限制检索,这将不改变最近日期存储的检索结果。
文献处理
1、显示
可以通过display下拉菜单选择显示方式。点击Show下拉菜单选择每屏的显示数目,再点击Display 按钮,PubMed
将重新按照新的命令进行显示。 点击选择页号显示结果,当前显示页号为红色,点击>> 可以查看以后的页号。PubMed
首先以summary 方式进行显示,各种显示格式所包括的内容如下: Summary — 包括:作者姓名、文章题目、出处、记录状态、语种、出版物类型、PMID。Brief
— 包括:作者姓名、文章题目的前30个字母、PMID。Abstract —包括:出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、PMID等。
Citation —包括:出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、MeSH 词、化学物质名称、SI数据库索取号、基金号、PMID等。
2、保存
保存功能可以在你自己的计算机上创建文本文件,保存按钮可以保存当前屏幕上的结果,也可以保存所有的检索结果或选择保存。
3、打印
可以利用浏览器的打印键进行屏幕上内容的打印。如果要选择性地打印检索结果,可以先将所选的文献添加到Clipboard,然后再打印。
副主题词
副主题词(Subheadings)是由代表一些主题概念的MeSH词汇所组成,主要用来描述和限定检索词的主题领域(有关副主题词及其字段标识符见表1)。副主题词的字段标识符为[sh]。可以用Medline
的副主题词双字母缩写形式来检索,这样比采用全称检索更简便。例如:dh [sh]= diet therapy[sh]。
检索实例:检索哮喘药物治疗方面的文献,可以用:asthma/drug therapy 或asthma/dt[sh]或asthma[mh]AND
drug therapy[sh]等方式进行。副主题词检索将自动地包括其他的下位词,如副主题词Therapy包括的下位词有:Diet
Therapy、Drug Therapy等。如果希望关闭自动扩展功能,可以用句法 [sh:noexp]来实现,例如:therapy[sh:noexp]。
其他功能
1、链接
其功能主要体现在两个方面:一是对PubMed系统以外的外部信息的链接(Links);二是系统内部相关信息的链接。
(1)相关文献(Related Aricles)链接 检索结果中每条记录的右侧都有“Related Aricles”超链接,点击该链接可以显示与本次检索结果相关的更多文献。PubMed
创建相关文献链接,是依据所检索的核心概念在被命中记录以外的其他文献的题目、文摘和MeSH 词中出现的情况、运用一定的权值算法来确定的,并依据相关程度进行排序。此功能可以帮助用户获得更多的相关文献。
(2)外部链接(Links) PubMed允许出版商、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等提供的Wed资源与Medline数据库中的记录建立链接,这些外部资源通过LinkOut来实现。LinkOut超链接使检索者可以到信息提供者的站点上获取更多的相关信息。被链接的外部站点资源主要是杂志的原文(有些需要付费才能获得)。
(3)链接到NCBI数据库 此功能将Medline数据库与NCBI分子生物学数据库有机地结合起来,在Medline数据库检索命中文献涉及到分子生物学数据库中的信息如基因序列、蛋白质结构等自动建立链接,使用户很方便地通过超链调出相关信息。
(4)链接图书信息(Books) 是NCBI与图书出版商合作,将有关图书改写成Web版本并将其链接到PubMed中。该功能主要是为用户在检索中遇到不熟悉的概念提供背景资料。对于一些新概念和词语将有超链直接链接到书中的相关信息处。
2、原文传递服务
PubMed系统与Loansome Doc、Infotrieve、Mediscope等3个原文传递机构建立了联系,在该系统中检索到的文献记录通过点击“Order”提交获取原文请求。其中Loansome
Doc是美国医学图书馆联盟提供的原文订购服务系统。它根据用户请求,选择最近的机构通过电子邮件、传真等方式向用户提供原文,用户一般可在24小时内得到文献。PubMed方便的订购服务和LinkOut功能,为生物医学文献提供者与文献索取者之间构成联系的平台。目前,这种订购服务仅提供给已经在Loansome
Doc注册的图书馆联盟会员,中国医学科学院图书馆可以提供这种订购服务。
3、Journal Browser
用左侧目条Journal Browser (杂志浏览器)可以检索PubMed收录期刊的详细信息,可检索到杂志名称、名称缩写或ISSN。链接到原文的杂志也包括在内。
4、MeSH Browser
MeSH (医学主题词表) 是美国国立医学图书馆编制的词汇表。通过左侧目条上的MeSH Browser超链,用户可以实现对最新版MeSH
词表的检索,了解每个主题词的释义信息和层次结构。如果输入的词在MeSH词表中没有,MeSH 浏览器将显示相关的MeSH 词汇。
5、Clinical Queries
为了帮助临床医生更有效地获取Medline数据库中有关疾病的病因、诊断、预防以及治疗等方面的信息,PubMed设置了Clinical
Queries(临床查询)功能项,该功能项具备特殊的过滤器装置可限定在上述4个主题文献集中检索,以滤除部分不相关或相关性差的文献。在侧目条上点击Clinical
Queries即可进入该页面。有治疗、诊断、病因、预防等四个类目可供选择。另外,还有针对检索精确性而设置的两个选项即:sensitivity(敏感性)和specificity(特异性),前者强调检索全面,而后者强调检索精确。以检索AIDS为例,选择sensitivity进行检索,获得的文献数远远超过选择specificity检索所获得的文献数。
注意: Clinical Queries功能仅适于上述四个类目主题文献的查找,要检索其他领域的文献不能在此页面中进行。
6、Citation Matcher
点击左侧目条上的citation matcher超链,可以让用户用参考文献信息来查找Medline数据库中的文献。可进行单条文献的查找,也可以同时查找多条文献。
检索实例
检索实例1:
查找1995年以后发表的有关醋氯芬酸药物临床试验方面的文献,为了保证检索结果的精确,将检索词限制在文献的题目中,且要求文献是用英文发表并带有文摘。简单的检索方法是先点击Limits界面,确定各项限制项,然后在检索框中输入检索词aceclofenac即可。
检索实例2:
欲检索2000年以后用日文发表的有关Crohn病药物治疗研究的文献,除可用上述的Limits检索方式外,还可在检索框中直接输入以下检索式:Crohn
Disease [mh] AND drug therapy[sh]AND Japanese[la]AND 2000:2002[edat]
检索实例3:
欲检索降血脂药物吉非贝齐(Gemfibrozil)不良反应方面的文献,可采取以下检索式:
gemfibrozil AND adverse effects[sh]
也可以先点击preview/Index,在最下面的检索框中输入gemfibrozil,然后点击Index,可以浏览到PubMed数据库中收录的有关gemfibrozil的所有各副主题词类目下文章,可以发现有关副反应的文章共111篇,选中后点击preview键即可。